Scientific Linux построен так, чтобы пользователи легко могли изменить на своих машинах источник получения обновлений, происходящих каждую ночь. В  Scientific Linux 4.x настройка  yum более гибкая по сравнению с 3.0.x. Поскольку настройка может вызвать некоторые затруднения, необходимо обратить внимание на следующие моменты.
Ночной yum.cron: Ночной yum.cron (также известный как autoyum) использует те же настройки, что и  yum, запускаемый вручную. Так  что если имеется доступный репозиторий,  yum.cron использует его для обновлений.
/etc/yum.conf: Этот файл по умолчанию не содержит репозиториев, хотя и может содержать их. Файл yum.conf теперь используется только для глобальных настроек yum.
/etc/yum.repos.d/: Это каталог, содержащий все репозитории. Обычно одному репозиторию соответствует один файл, хотя каждому файлу может соответствовать более одного репозитория.

Просто отредактируйте файлы

• /etc/yum.repos.d/sl.repo
• /etc/yum.repos.d/sl-errata.repo
• Любые другие файлы из каталога /etc/yum.repos.d/,  доступные по умолчанию. Чтобы увидеть их, выполните
  grep enabled=1 /etc/yum.repos.d/*

Настройте пакет yum-conf rpm

В Scientific Linux входят два пакета, имеющих отношение к yum: yum и yum-conf. Изначально они работают так, что yum  может быть обновлен без  изменения конфигурационных файлов. Но пользователи также имеют возможность полностью изменить yum-conf в соответствии со своими потребностями.

Шаги по настройке пакета yum-conf rpm.
Для примера предположим, что это делается для версии 4.3.

1. Получите исходник src пакета yum-conf rpm. Получите соответствующий пакет для вашего дистрибутива.
   ftp://ftp.scientificlinux.org/linux/scientific/4x/SRPMS
2. Установите пакет src.rpm и разархивируйте исходники
   rpm -Uvh yum-conf-43-4.SL.src.rpm
   cd /usr/src/redhat/SOURCES/
   tar xfz yum-conf-43.tar.gz
3. Отредактируйте соответствующие файлы. Измените их так, чтобы они указывали на ваши машны.
   yum-conf-43/etc/yum.repos.d/sl.repo
   yum-conf-43/etc/yum.repos.d/sl-errata.repo
   yum-conf-43/etc/yum.repos.d/
4. Заархивируйте каталог
   tar cfz yum-conf-43.tar.gz yum-conf-43
5. Перейдите в каталог SPECS
   cd /usr/src/redhat/SPECS/
6. Отредактируйте spec файл. Измените релиз на что-то подходящее
   vi yum-conf-sl43.spec
   
7. Соберите ваш rpm
   rpmbuild -ba yum-conf-sl43.spec